Публикуемые файлы FTP следует размещать в основном каталоге. По умолчанию в основном каталоге доступны все существующие подкаталоги.

В службе FTP разрешено использование виртуальных каталогов, аналогичных виртуальным каталогам службы WWW, однако поскольку протокол имеет технические ограничения, виртуальные каталоги не будут видны клиентам при просмотре основного каталога. Пользователи могут обращаться к виртуальным каталогам только с помощью известных псевдонимов этих каталогов.